一是依法赋予事业单位法人自主权。现行事业单位都是法人，但都没有充分的法人自主权，实质上是政府行政部门的附属物，人事上机关色彩浓。要赋予事业单位法人自主权，必须先转变相关部门的职能，放权放手，实行负面清单管理，并与行政机关的管理、监督区分开来。实行“政事分开”“事企分开”和“管办分离”。理顺公共管理者职能与出资者职能，并分开运行。通过“三去”，即去行政化（从党政机关体系中剥离出来）、去编制化（破除身份歧视）、去预算化（从“预算单位”转变为“补助单位”），重塑事业单位这个微观基础，重构事业单位宏观管理体制，让事业单位从木偶变成有活力的机构，为各类人才发展营造良好的体制环境。

 二是完善事业单位的内部治理机制。按照权责对等原则，在依法赋予法人自主权的同时，事业单位的责任清单必须明晰、公开。完善用人机制，以“能进能出、能上能下、引入竞争、公开公正”的聘用关系取代机关式的任用，给予事业单位配置人力资源的自主权。自主实行“按需设岗、竞争上岗、按岗聘用”，打破职务和身份的“终身制”。自主建立符合各领域特点的以知识价值为导向的事业单位薪酬制度和绩效奖励制度，形成以结果导向的宏观绩效管理。经费自主管理，政府补助按照事业单位的性质和职责分类分层提供支持，补助资金不按照预算单位的资金进行管理。实行与行政机关不同的考核办法和监督标准。

 三是以购买服务的方式重构经费保障机制。科教文卫等各领域的社会事业，具有很强的公益性，政府提供经费补助理所当然。但以往那种根据创收能力大小核定拨款的方式已经不合时宜，而应当根据政府的需要来“购买服务”。政府创建一个市场，事业单位是供方，政府是需方，根据需要来确定购买的服务规模和结构，以模仿市场方式来提供经费保障，优化资金分配，提高补助效果。事业单位提供的服务和社会公益性组织提供的服务可以竞争，如教育服务、医疗服务、科研项目等等。科研领域的“揭榜挂帅”机制，实质就是政府通过契约购买其所需要的公共技术研发服务。完善财务、资产等管理法规，建立符合事业单位特点的财务内控制度，财务自主管理，接受审计监督。